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Informática
Un Programa "Lee" la Literatura Médica
30 de Enero de 2004.
 Hasta
ahora, los investigadores debían pasar muchas horas repasando
incontables volúmenes de revistas y libros científicos buscando
información relacionada con su campo de estudio, como el cáncer, el
SIDA, la pediatría o la cardiología. Gracias a un programa informático
desarrollado en el UT Southwestern Medical Center de Dallas, los
especialistas ya pueden identificar oscuros puntos en común en los datos
publicados que les ayudarán a avanzar más deprisa en su proceso de
descubrimiento.
El programa ha sido ideado por el doctor en biomedicina Harold "Skip"
Garner, y es especial porque emula el proceso del pensamiento científico
cuando se están buscando datos. El principal trabajo de Garner ha sido
enseñar a los ordenadores a “leer” la literatura científica y a obtener
asociaciones pertinentes de manera que puedan ser resumidas y
calificadas por orden de interés para el usuario. Un humano alcanzaría
las mismas conclusiones pero sólo tras leer decenas de miles de
artículos.
El software desarrollado por Garner ya ha ayudado a predecir nuevos usos
para fármacos existentes, de manera que puedan combatir enfermedades
cardíacas. El programa está siendo utilizado a través de la nueva
compañía etexx Biopharmaceuticals. Se llama IRIDESCENT y trabaja
construyendo una red de objetos relacionados, empezando por su aparición
en la base de datos bibliográfica MEDLINE, donde se almacenan documentos
médicos, de enfermería, salud, etc.
Para identificar qué tienen en común los objetos biomédicos (como genes,
fenotipos, sustancias y enfermedades), la mayoría de investigadores
deben leer muchos volúmenes de literatura científica utilizando la base
de datos MEDLINE. IRIDESCENT hace esta labor por ellos, permitiendo
hacer búsquedas y obtener relaciones estadísticas, comparando la
frecuencia con la que determinados grupos de objetos aparecen,
descontando la probabilidad aleatoria.
Los artículos que se indexan en MEDLINE están creciendo de forma
exponencial, reflejando una explosión de información arrastrada por las
mejoras tecnológicas que generan datos. La base de datos contiene
actualmente más de 4.600 revistas y un total de 12,7 millones de
registros escritos durante los últimos 35 años. Cada año se añaden
manualmente unos 500.000 resúmenes nuevos.
IRIDESCENT puede identificar temas generales, como también agrupaciones
estadísticamente excepcionales dentro de una lista (por ejemplo, los
fármacos que afectan a la actividad de un grupo de genes). Simulando el
proceso del pensamiento científico, IRIDISCENT puede compilar diversos
hechos para presentar una lista de “hipótesis” a un usuario que busca
conocimientos ocultos en los datos.
Por supuesto, aún estamos lejos de delegar la interpretación de los
datos a los ordenadores, pero éstos nos ahorrarán mucho tiempo que podrá
ser empleado en realizar verdaderos descubrimientos científicos.
La empresa etexx Biopharmaceuticals, iniciada en septiembre de 2003,
utiliza el programa para buscar nuevos usos a compuestos ya aprobados y
que podrían ser usados en combatir diversas clases de enfermedades
cardíacas donde aún no existe una terapia concreta. Los resultados son
después confirmados mediante las pruebas clínicas pertinentes.
Información adicional en:
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