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Bioquímica
Salto Adelante Para el Banco de
Proteínas
30 de Enero de 2004.
 Gracias
al apoyo de nuevas instituciones, el Protein Data Bank (PDB) sigue
creciendo imparable. En sus archivos se almacenan ya las estructuras
tridimensionales de casi 24.000 proteínas y otras macromoléculas. La
colección permitirá notables avances en la biología.
Durante los próximos 5 años, el PDB recibirá un total de 30 millones de
dólares de las instituciones estadounidenses, fondos que no sólo le
permitirán seguir creciendo sino también llegar a acuerdos
internacionales que servirán para coordinar el depósito de datos sobre
estructuras moleculares de forma global.
La información nos ayudará a comprender mejor el ADN, el ARN, los virus
o varias proteínas esenciales para procesos como la fotosíntesis, el
crecimiento, el desarrollo y la función cerebral.
Los procesos biológicos, explica Mary Clutter, del PDB, implican a
pequeñas máquinas moleculares. Entender cómo funcionan estas máquinas
suele empezar con averiguar cómo están estructuradas sus partes, cómo
encajan entre sí. Por eso, disponer de estructuras moleculares
archivadas es de gran utilidad para los investigadores, en un amplio
espectro de ciencias biológicas, como la genómica, etc.
Dado que el banco de proteínas está disponible de forma abierta y libre,
cualquier científico o persona puede acceder a los datos que alberga y
realizar importantes aportaciones.
El PDB, fundado en 1971, empezó a ser apoyado por la National Science
Foundation en 1975. En 1989 se formó un grupo de agencias que
colaborarían en su sostenimiento. Desde el 1 de enero de 2004,
participan en este grupo de instituciones la propia NSF, el National
Institute of General Medical Sciences (NIGMS), el Department of Energy
(DOE), la National Library of Medicine (NLM), el National Cancer
Institute (NCI), el National Center for Research Resources (NCRR), el
National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIBIB), y
el National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NINDS).
El pasado mes, además, se anunció un acuerdo internacional para
establecer un banco de proteínas mundial. El PDB coordinará así sus
esfuerzos con iniciativas semejantes promocionadas por el Institute for
Protein Research de la Osaka University (Japón) y el European
Bioinformatics Institute (EBI), en el Reino Unido.
La colección incluye algunas estructuras médicamente importantes, como
enzimas y otras proteínas asociadas con virus como la gripe, el HIV, el
SARS, partes de priones implicados en la enfermedad de las “Vacas
Locas”, un péptido asociado con el Alzheimer, o la proteína supresora de
tumores p53, relacionada con muchos cánceres humanos.
Los datos que almacena sirven asimismo para explorar la biología de
microbios que pueden ayudarnos a remediar la contaminación ambiental,
retirar dióxido de carbono de la atmósfera y generar energía a partir de
biomasa.
En 1971, el PDF contenía siete estructuras. Después de 25 años alcanzó
la cifra de más de 5.000. Tres años después, había más de 10.000. Sólo
durante 2003 se almacenaron más de 4.600 estructuras moleculares nuevas,
y el banco sigue creciendo. El año pasado, los visitantes de la página
web del PDB descargaron sus archivos en más de 120.000 ocasiones.
La información procede de experimentos con cristalografía de rayos-X,
resonancia magnética nuclear, microscopia electrónica y otros métodos.
Cuando un científico aporta una estructura, los resultados son validados
y archivados.
Información adicional en:
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