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Mapa de Proteínas
12 de Abril de 2002.
 Los científicos se preparan para desarrollar un mapa que contenga todas las proteínas conocidas. La iniciativa, que durará cinco años, podría tener una importancia paralela a la de la conocida tabla periódica de los elementos, ya que ayudará a identificar las funciones de las nuevas proteínas que se vayan descubriendo.
La tarea ha sido asignada, bajo un contrato de investigación de la National Science Foundation de algo más de 1 millón de dólares, a Golan Yona, un experto en ciencia de los ordenadores. Yona, que trabaja en la Cornell University, se encargará de categorizar y situar en un mapa multidimensional a cientos de miles de proteínas conocidas. Así, la colocación de una nueva proteína en el mapa permitirá imaginar su función comparándola con aquellas que se encuentren cercanas a ella. De la misma manera, cuando un gen es secuenciado, comparando dicha secuencia con otras del mapa podremos predecir la estructura y la función de la proteína para la cual codifica el gen.
Las dimensiones del mapa indirectamente reflejan características tales como la forma física, la topología o la secuencia de aminoácidos de las proteínas. A Yona le gusta la idea de la tabla periódica de los elementos, propuesta por Mendeleev en 1869, porque ordena los elementos en orden de número de protones, colocando aquellos con similitudes químicas en las mismas columnas. La tabla ayudó a predecir elementos que no habían sido aún descubiertos. De la misma manera, Yona cree que las proteínas evolucionaron y generaron una colección de familias diferentes, pero no se trata de una colección aleatoria. Por eso, espera que el mapa ayude a encontrar principios globales que puedan explicar la organización y la creación del espacio de las proteínas.
Unas pocas proteínas pueden ser organizadas y clasificadas a mano, como los biólogos han organizado y clasificado animales y plantas. Pero hay tantas proteínas conocidas que sólo los ordenadores pueden procesar todas las posibles relaciones. El proceso precisa de meses de cálculos en grandes grupos de computadoras actuando en paralelo. Dado que se añaden cada día nuevas proteínas a las bases de datos, el mapa debe ser actualizado frecuentemente.
Yona ya ha creado un mapa preliminar y espera disponer de una versión más afinada dentro de un año. Ha creado una página web llamada ProtoMap, donde los investigadores pueden enviar descripciones de proteínas o secuencias de genes, y encontrar sus localizaciones sobre el mapa. Una segunda base de datos (BioSpace), que desarrolló mientras estaba en la Stanford University, almacena modelos tridimensionales de más de 160.000 proteínas.
Información adicional en:
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